Aquí hay un artículo interesante (cortito y al pié) que muestra cómo realizar un Custom Pipeline para recibir más de un IDOC desde SAP a través del mismo puerto.

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa559118.aspx

En el siguiente link hay otra solución con mejor rendimiento en la que se desarrolla un componente de pipeline específico:

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa577629.aspx

GB